• Ventajas de que estamos en LaTeX: separación de presentación y escritura, fórmulas matemáticas complejas sin problemas
• Cambiando una opción nos prepara una versión para imprimir, lista para tomar notas al margen (o con formato tradicional)
• Nos hace un panel con unos botones de navegación
• Podemos definir el fondo para las transparencias, un logo en el panel, transiciones,...
• Con un simple lector de PDF's lo podemos ver: independiente de sistemas operativos, arquitecturas, etc.

En Debian Woody necesitamos instalar el paquete pdfscreen (aparte del tetex-bin, evidentemente).
El preámbulo del documento contendrá:

\usepackage[screen,panelright,paneltoc,gray,sectionbreak]{pdfscreen}

• print, screen: para imprimir o para enseñar por pantalla
• panelleft, panelright: panel con los botones en la izquierda o la derecha
• paneltoc: queremos un índice en el panel (usandolo junto a sectionbreak)
• nopanel: sin panel de botones
• sectionbreak: cada nueva sección será una nueva página
• gray, orange, bluelace, blue, palegreen, chocolate: el color de títulos, panel, etc.

\begin{screen}
   \margins{1cm}{1cm}{1cm}{1cm}
   \screensize{16cm}{20cm}
   \changeoverlay
   %Con changeoverlay nos redondea los bordes
   %nos permitirá poner más fondos de pantalla
\end{screen}

\begin{print}
   \notesname{Notes:}
   \def\@seccntformat#1{\llap{\scshape\color{section\thesection@level}
   \csname the#1\endcsname.\hspace*{6pt}}}
\end{print}

%hacemos un pequeño título
\title{{Huge{Presentando presentaciones}\
{\Large{Para \href{http://bulma.net}{Bulma}}
\author{Carles Pina i Estany}
\maketitle

%una pequeña sección
\section{Primera transparència}
Hola, que tinguis un molt bon dia.

Hola, que tengais muy buenos dias.
\subsection{primera subsección}
Eso es una subsección. No sale en el índice del panel.

\begin{slide}
Eso es una slide. Queda centrado verticalmente en la página

podemos hacer cosas aqui dentro:
\begin{itemize}
\item hola que tal
\item hello world
\end{itemize}
\end{slide}

\begin{slide}
segunda transparencia
\end{slide}

• \emblema{fichero1.pdf}: pone un pequeño logo en el panel
• \overlay{fichero2.pdf}: pone un fondo en cada transparencia
• \paneloverlay{fichero3.pdf}: cambia el formato del panel

pdflatex main2.tex
pdflatex main2.tex
pdflatex main2.tex
xpdf main2.pdf

Hay otros paquetes para LaTeX como prosper también muy interesantes pero que no hacen tablas de contenido al lateral de forma contextual, ni el pequeño menú de navegación.

pdfscreen tiene más opciones como poner transiciones entre páginas (sólo con Acrobat Reader, no con xpdf), podemos personalizar los botones del panel...
Con Acrobat Reader también tenemos un modo "pantalla completa" muy elegante.

Cambiando, en el usepackage screen por print tenemos un documento listo para imprimir y tomar notas al lateral.

Aquí podemos ver un miniejemplo de una presentación de 2 páginas (con su código fuente)

¿Podrias poner el código fuente del ejemplo?